A origem dos Cotrim no Brasil aponta para Portugal. Os Cotrim de Portugal são, até hoje uma grande família e sua história lá remonta ao século XIV (Martim Cotrim, nobre português é citado em 1383). Antes disso parece ser esta família originária da  Inglaterra ,tendo passado a Portugal no século XV, nas pessoas de dois irmãos, Jaime e Heitor Cotrim. Foram ambos fidalgos da Casa do Rei D. Afonso V, tendo o primeiro exercido o cargo de monteiro-mor do Infante D.Henrique, Duque de Viseu, e o segundo sido pajem de lança daquele monarca.

Em Portugal, no município de Ferreira do Zêzere (freguesia de Dornes)está localizado (no Souto do Ereira) o mais antigo solar da família dos Cotrins (*). Ali morou o Fidalgo Lopo Martim Canas Cotrim, de quem descendem provavelmente 90% dos Cotrins que hoje existem em todo mundo, com especial incidência nos países de língua portuguesa.

(*)Esta antiga casa fidalga no lugar do Souto da Ereira é uma velha edificação do tipo rude dos solares quinhentistas do concelho, feita com xistos sobrepostos, cingidos por cunhais, vergas e ombreiras de pedra calcária. A escada é exterior. Há bastas dependências rurais, anexas, cobertas de telha vã. No interior grosseiras chaminés de aquecimento. Na fachada exterior, largo brasão ornamental, de mármore lavrado (Cotrins) embutido nos xistos do paramento. Toda a pedra de armas é delicadamente lavrada.

Dos Cotrins de Ferreira do Zêzere saíram alguns para o Brasil (por explo. Filipe de Matos Cotrim, Sargento-mór que subiu o Amazonas por volta de 1637)

A maioria dos Cotrim do Brasil são descendentes de duas linhas mapeadas. 

A primeira vem da Bahia e refere-se a Cotrins vindos de Portugal no início do século XVIII que se instalaram no alto sertão baiano (Caetité, Guanambi, Rio das Contas, Caculé, etc.) e de lá se deslocaram principalmente para São Paulo (Pitangueiras, Batatais, Rio Preto, etc) 

A segunda, mais recente, refere-se a Cotrins vindos em outra leva para o Rio de Janeiro e que se uniram à família do Visconde de Itaborahy.

Existem outras linhas, ainda sem muitos dados. Destas, a mais evidente é a dos Gurjão (ou Grojão) Cotrim, um dos fundadores de Moji-Mirim, cidade do interior paulista